Analisis Molecular Docking Senyawa Garcinia Mangostana L Sebagai Kandidat Anti SARS-CoV-2

Suci Ramda Rena, Nurhidayah Nurhidayah, Rustan Rustan

Abstract


Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi dari senyawa-senyawa alami Garcinia mangostana L. atau kulit manggis sebagai kandidat anti-SARS-CoV-2 dengan menghambat main protease (MPro) COVID-19. Dalam penelitian ini digunakan metode molecular docking dengan program Autodock Vina dan di-visualisasi-kan dengan program Discovery Studio. Kemampuan inhibitor dinilai berdasarkan energi bebas ikatan (ΔG), Konstanta inhibisi (Ki), kompleks ligan-reseptor dan ikatan hidrogen. Validasi dilakukan dengan re-docking ligan alami X77 terhadap protein target (6W63) dengan hasil RMSD 1.082 Å. Simulasi docking dari 3 ligan uji diperoleh 1 senyawa dengan afinitas terbaik yang menghasilkan ΔG = -7.8 kcal/mol dan Ki = 1,91 µM. Berdasarkan hasil penelitian, diantara ligan uji senyawa beta-mangostin paling berpotensi sebagai kandidat anti-SARS-CoV-2 dengan afinitas terbaik.

Full Text:

PDF

References


Cubuk, H. dan Ozbil, M. (2020) “Comparison of Clinically Approved Molecules on SARS-CoV-2 Drug Target Proteins: A Molecular Docking Study.” doi: 10.26434/chemrxiv.12090828.v1.

Devaux, C. A. et al. (2020) “New insights on the antiviral effects of chloroquine against coronavirus: what to expect for COVID-19?,” International Journal of Antimicrobial Agents, 55(5). doi: 10.1016/j.ijantimicag.2020.105938.

Ferwadi, S., Gunawan, R. dan Astuti, W. (2017) “Studi Docking Molekular Senyawa Asam Sinamat Dan Derivatnya Sebagai Inhibitor Protein 1J4X Pada Sel Kanker Serviks,” Jurnal Kimia Mulawarman, 14(2), hal. 85–90. Tersedia pada: http://jurnal.kimia.fmipa.unmul.ac.id/index.php/JKM/article/view/401/307.

Mardiana, L. dan PS, T. P. (2012) Ramuan & Khasiat Kulit Manggis. Penebar Swadaya Grup. Tersedia pada: https://books.google.co.id/books?id=7QN8CgAAQBAJ.

Ren, J., Zhang, A.-H. dan Wang, X.-J. (2020) “Traditional Chinese medicine for COVID-19 treatment,” Pharmacological Research, 155, hal. 104743. doi: 10.1016/j.phrs.2020.104743.

Suryani, Y. et al. (2018) “Insilico docking studies of daidzeion compounds as selective estrogen receptor modulator ( SERMS ) breast cancer,” 03009, hal. 1–5.

Utami, W. et al. (2020) “Molecular Docking Studies of SARS-Cov-2 Mainprotease Potential Inhibitors.” Tersedia pada: https://www.researchsquare.com/article/rs-48443/latest.pdf.

Wu, C. et al. (2020) “Analysis of therapeutic targets for SARS-CoV-2 and discovery of potential drugs by computational methods,” Acta Pharmaceutica Sinica B, 10(5), hal. 766–788. doi: 10.1016/j.apsb.2020.02.008.




DOI: https://doi.org/10.25077/jfu.11.1.82-88.2022

Refbacks



Copyright (c) 2021 Jurnal Fisika Unand

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License

Published by:

Jurusan Fisika, FMIPA Universitas Andalas

Kampus Unand Limau Manis Padang Sumatera Barat 25163

Telepon 0751-73307

Email:jfu@sci.unand.ac.id